但工资计算却采用综合工时制，是否合规？

公司行为不合规。依据《中华人民共和国劳动法》，综合工时制需经劳动行政部门批准，且平均工作时间需与法定标准相符。未经批准，擅自采用综合工时制计算工资，可能损害员工权益，造成劳动纠纷。
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公司行为违规。处理方式：1.与公司沟通，要求按合同执行标准工时制或调整工资计算方式；2.若沟通无果，收集证据，向劳动监察大队投诉；3.必要时，申请劳动仲裁，要求公司赔偿因工时制度不符造成的损失。
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常见处理方式为协商、投诉、仲裁。首先尝试与公司协商解决；若协商无果，可向劳动监察部门投诉；仍无法解决时，可申请劳动仲裁，依据《劳动法》维护自身权益。